前燕灭亡后，很快的，更为剽悍凶猛的北魏军又到来了。公元427年，为了躲避北魏的威胁，并且巩固在半岛上的势力，高句丽长寿王高琏被迫离开了经历两百多年风风雨雨的丸都城，向南迁都到今天朝鲜平壤附近。从此以后，高句丽的统治中心逐渐南移，这才从我国东北转去了朝鲜半岛北部。
因为在此前不久，半岛南部的三韩等族开始进入国家阶段，建立起百济、新罗、伽倻等等王国或城邦联盟。高句丽在北方遭到靺鞨、契丹等族和北魏的压迫，于是致力于向南方扩展，很快就与百济、新罗一起分割半岛，形成了朝鲜历史上的“前三国时代”。
可惜的是，倘若高句丽从此对中原王朝持恭顺态度，全力经营南方的话，以其当时的实力，是很可能统一朝鲜半岛的，但连续数代国王的政治失策，导致了隋炀帝和唐太宗的多次攻伐。高句丽人顽强抵抗、苦苦支撑，才终于打赢了这几仗，但胜利却反而使得统治者更为骄横。终于，到了七世纪中期，唐朝联合新罗攻打高句丽、百济，唐高宗显庆五年（660年），百济灭亡，乾封三年（667年），高句丽灭亡。
但是唐朝并未能牢牢地控制住朝鲜半岛，新罗很快就统一了大同江以南地区。十世纪，新罗分裂，进入“后三国时期”，最终为其中泰封国的大将王建所统一，王建自称继承了高句丽的正统，所以定国号为高丽——其实与灭亡已久的高句丽并没有直接关联。
但是中国人受到了欺骗，古代很多史学家以为高句丽和高丽确实是一脉相承的，所以往往在追述高句丽的时候，也以“高丽”之名替代，这就造成了认识上的混乱，也成为半岛国家追尊高句丽为其先祖，说高句丽是朝鲜古代王国的一大证据。新中国建立之初，学术界同样犯迷糊，直到上世纪八十年代才逐渐拨乱反正。
1982年2月23日，国务院批准集安市的丸都山城遗址作为汉魏古建筑而列名第二批全国重点文物保护单位；2002年6月25日，将国内城遗址与丸都山城遗址合并，列名第五批全国重点文物保护单位；2004年7月，两城被列入世界遗产名录。