朱由检犯了中二病，他原以为李云崖打完这一场胜仗，相当于狠狠扇了那些辞官大臣以及反对李云崖那些人的脸，能够让他们彻底闭嘴，没想到刚消停几天又来了，这次北京保卫战他先后两次登上城头，亲眼看见了三军将士抛头颅洒热血，被八旗军杀得手脚乱飞，肠破肚烂仍然奋力抵抗，他也被深深地震惊，终于理解了当初李云崖在军校时候跟他说过的那些话，从他心里也认为，过去军人的待遇实在太低了，应该予以增加，这次不管是犒赏还是抚恤，他都是加倍了的。
再说，朱由检深深地认为，后宫不可干政，周皇后却一再触及他的底线让他很不爽，不过周皇后第二胎临盆在即，他也不好深责，只让她安心养胎，不要管前朝的事。
第二天，朱由检就下旨，让李云崖接管京营，全权处置三营七十二卫大军。
其实朱由检并不仅仅是要跟朝臣较劲，这次北京保卫战，他看出来，现在大明除了李云崖的青龙军以外，最能打的当属辽东军，然后是如宣大等地的九边军，再是各地赶来的勤王军，最后才是京营军队，战斗力之弱，简直令人发指，京营满编应该是三十多万到四十万人，但这次参加战争的明军总共也才二十万左右，朱由检不是傻瓜，他知道京营已经彻底糜烂了，他要李云崖帮他整饬京营，打造成都跟青龙军一样的强军，他还传旨六部，不管李云崖有什么要求，都要全力配合。
圣旨一下，军校外面就来了许多送礼的，什么总兵、参将、游击等等，都带着礼物来拜见李云崖，李云崖让李小海帮他甄别，凡是少于五千两的一概不见！国师的时间宝贵的很，陪你们喝一碗茶拿五千两银子，李云崖自己觉得并不过分，他一面收银子，一面放出风去，说他准备彻底整顿京营上下一干人等，遇到不顺眼的，就要用那柄皇上指定的白剑将其斩首，这帮京营里的官，这些年欺上瞒下，贪赃弄权，买房置地，也捞了不少身家，这回咬着牙变卖家产，不够五千两的还要去借钱，只为见上李云崖一面求他高抬贵手。
李云崖也不着急，爱搭不理的，打算等过完年再动手。
辽东方面，朱由检询问了他的意见之后，还是派了孙承宗去，有他坐镇宁锦一代，已经元气大伤的皇太极三五年之内都打不过来，孙承宗年底就启程赶往辽东，李云崖亲自去送行，特地从中研院调来一位医生，专门负责孙承宗的饮食起居，日常养生，老头过完年就六十八岁了，在这时代算是很高寿了，在外面领军，辽东又是苦寒之地，说不定哪天有个头疼脑热就起不来了。
李云崖当着孙承宗的面告诉那大夫：“从今年开始，只要孙先生健健康康地活一年，我就给你二百两银子，他生一次病，扣掉十两，大病扣掉五十两，全部扣完就把你调回来我再派别人。”